Le grid computing au secours de la recherche génétique

Par 17 mars 2005
Mots-clés : Smart city, Europe

L'objectif, pour le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) est d'accélérer la recherche en génomique et protéonique grâce aux technologies de grid computing. Conscients que...

L'objectif, pour le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) est d'accélérer la recherche en génomique et protéonique grâce aux technologies de grid computing. Conscients que l'innovation informatique peut répondre à de nouveaux besoins de la recherche en génétique, trois acteurs majeurs dans leur domaine, l'association de malades AFM, le CNRS et le groupe IBM ont lancé mardi le programme Décrypthon, une plate-forme de grid computing.
Lancée lors du Téléthon 2001, une première opération Décrypthon avait permis la réalisation, en quelques semaines, d'une première base de données de toutes les protéines du monde vivant grâce à 75 000 ordinateurs individuels mis en réseau. Aujourd'hui, Décrypthon est une plate-forme technologique composée de deux grilles spécifiques pour générer la puissance de calcul nécessaire au traitement de projets de recherche très complexes. Le recours à l'une ou l'autre des grilles, voire à la combinaison des deux, s'effectuera en fonction des spécificités des programmes de recherche sélectionnés.
La grille dite "universitaire" est constituée des supercalculateurs des centres universitaires de Bordeaux 1, Lille 1 (USTL) et Paris Pierre et Marie Curie (Paris 6 Jussieu), auxquels seront ajoutés des serveurs à base de technologies Power 4+ et Power 5 de dernière génération offerts par IBM. Un serveur central, fédérant l'ensemble de ces ressources, sera également offert par IBM à l'université d'Orsay (Paris Sud) qui en assurera l'exploitation.
L'ensemble de ces ressources sera connecté par le réseau à haut débit Renater (Réseau National de Télécommunications pour la Technologie, l'Enseignement et la Recherche) qui relie les établissements français d'enseignement supérieur et de recherche. La puissance de calcul initiale de cette grille universitaire sera de 298 gigaflops, auxquels pourront s'ajouter, si nécessaire, une partie des 473 gigaflops déjà présents dans les trois universités.
Une grille dite « d'internautes » qui pourra être activée dans un deuxième temps en fonction des projets scientifiques à venir. Elle accueillera alors les ordinateurs individuels (fonctionnant sous Windows dans un premier temps et plus tard sous MacOS ou Linux) d'internautes souhaitant participer au Programme Décrypthon en mettant à disposition des scientifiques des « cycles de calcul » non utilisés par leur machine. La puissance de cette grille d'internautes variera en fonction du nombre d'internautes mobilisés, sachant que chaque ordinateur a une puissance théorique moyenne d'environ 1 gigaflop.
Pendant 3 ans, la plate-forme du Programme Décrypthon accueillera une dizaine de projets de recherche ayant pour but, notamment, de mieux comprendre le fonctionnement et le rôle des protéines, de prédire leur fonction, de progresser dans la connaissance de leur structure en trois dimensions, ou de croiser les données du génome avec celles du protéome.
Le Programme Décrypthon s'appuie sur un financement innovant, reposant sur un principe clair : à calcul informatique partagé , financement partagé . L'AFM organise donc une opération de collecte spécifique baptisée « Décrypthon Entreprise » . Toutes les entreprises sont ainsi invitées à souscrire au Programme Décrypthon en achetant une ou plusieurs parts de ce projet. La part à l'unité coûte 1000 Euros.
Le coût prévisionnel du Programme Décrypthon est estimé à 1,8 million d'euros par an sur 3 ans, dont 40 % sont assurés par des contributions en nature d'IBM, du CNRS et de l'AFM, et 60 % seront assurés grâce aux souscriptions des entreprises (pour en savoir plus : www.decrypthon.fr ).
(Atelier groupe BNP Paribas - 17/03/2005)

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